در روز بیستم جمادى الثانى 1320 هجرى قمرى مطابق با 30 شهریـور 1281 هجرى شمسى ( 24 سپتامپر 1902 میلادى) در شهرستان خمین از توابع استان مرکزى ایران در خانواده اى اهل علـم و هجرت و جهاد و در خـانـدانـى از سلاله زهـراى اطـهـر سلام الله علیها, روح الـلـه المـوسـوى الخمینـى پـاى بـر خـاکدان طبیعت نهاد .
او وارث سجایاى آباء و اجدادى بـود که نسل در نسل در کار هـدایـت مردم وکسب مـعارف الهى کـوشیـده انـد. پـدر بزرگـوار امام خمینـى مرحوم آیه الـله سید مصطفى مـوسـوى از معاصریـن مرحـوم آیه الـلـه العظمـى میرزاى شیـرازى (رض) که پـس از آنکه سالیانـى چنـد در نجف اشـرف علـوم و معارف اسلامـى را فـرا گرفته و به درجه اجتهـاد نایل آمـده بـود بـه ایـران بازگشت و در خمـیـن ملجأَ مردم و هادى آنان در امـور دینـى بـود. در حـالـیکه بیـش از 5 مـاه از ولادت روح الـلـه نمى گذشت, طاغوتیان و خوانین تحت حمایت عمال حکومت وقت نداى حق طلبـى پـدر را که در برابر زورگـوئـیهایشان بـه مقاومت بـر خاسته بـود, با گلـوله پاسـخ گفـتـنـد و در مـسیر خمـیـن به اراک وى را بـه شهادت رسانـدنـد. بستگان شهیـد بـراى اجراى حکـم الهى قصاص به تهران (دار الحکـومه وقت) رهـسـپار شـدند و بر اجراى عـدالت اصـرار ورزیدند تا قاتل قصاص گردید
بدیـن ترتبیب امام خـمیـنى از اوان کـودکى با رنج یـتـیـمىآشـنا و با مفهوم شهادت روبرو گردید. وى دوران کـودکـى و نـوجـوانى را تحت سرپرستى مادر مـومـنـه اش (بانـو هاجر) که خـود از خاندان علـم و تقـوا و از نـوادگان مـرحـوم آیـه الـلـه خـوانسـارى ( صاحب زبـده التصانیف ) بوده است و همچنیـن نزد عمه مـکـرمه اش ( صاحبـه خانم ) که بانـویى شجاع و حق‌جـو بـود سپرى کرد اما در سـن 15 سالگى از نعمت وجـود آن دو عزیز نیز محـروم گـردید .